Počevši od akademske 2011/’12. godine Univerzitet će organizirati doktorske studije III. ciklusa studija u skladu sa Bolonjskim principima. Senat Univerziteta je usvojio Prijedlog sistematske organizacije doktorskog studija na nivou Univerziteta koji je predložen od strane Tima za doktorski studij koji je formiran na prijedlog Tima dekana. Tim za doktorski studij je radio na izradi prijedloga nastavnih planova i programa doktorskog studija koji su prilagođeni specifičnostima organizacionih jedinica i koji su usvojeni u skladu sa propisanim procedurama. Isti tim je izradio prijedlog Pravila za III. ciklus studija koja su razmatrana na sjednici Senata i kao takva usvojena i nalaze se dostupna na: www.unt.ba/propisi.