UPRAVNI ODBOR
Odgovornost za poslovanje visokoškolske ustanove snosi Upravni odbor Univerziteta. Upravni odbor ima sedam članova, od kojih šest imenuju osnivači, a jednog imenuje Senat Univerziteta na mandat od četiri godine.
Od člana 44. Statuta Univerziteta u Travniku definisan je način rada Upravnog odbora, prava i dužnosti predsjednika i članova Upravnog odbora.
SENAT
Odgovornost za akademska pitanja na UNT-u ima Senat kao najviše akademsko tijelo koje čine predstavnici akademskog osoblja i studenata. Senat čine rektor, prorektori, dekani i prodekani organizacionih jedinica, a po potrebi i predstavnici ostalog akademskog osoblja.
Najmanje 15% članova Senata su studenti, predstavnici studenata iz svakog ciklusa studija, sa svih organizacionih jedinica UNT-a. Od člana 55.Statuta Univerziteta u Travniku navodi se način rada Senata.
REKTOR
Rektor UNT-a (u daljnjem tekstu: rektor) je rukovodni organ Univerziteta. Rektor za svoj rad u domenu akademskih pitanja odgovara Senatu, a u domenu poslovanja Univerziteta Upravnom odboru. Rektoru u obavljanju funkcije pomažu prorektori i generalni sekretar.
Izbor rektora obavlja se na osnovu konkursa objavljenog u sredstvima javnog informisanja. Odluku o raspisivanju konkursa donosi Upravni odbor UNT-a. Rektor se bira većinom glasova od ukupnog broja članova Senata UNT-a. U članovima Statuta Univerziteta u Travniku 63. do 66. definisana je procedura imenovanja rektora, kao i uslovi pod kojima rektoru prestaje funkcija.
Rektorat čine:
1. Rektor prof. dr. Rasim Dacić,
2. Prorektor za međunarodnu saradnju, acc. prof. dr. Džemal Najetović,
3. Prorektor za nastavu i studentska pitanja, prof. dr. Namik Čolaković,
4. Prorektor za naučno-istraživačku djelatnost, prof. dr. Hazim Selimović,
5. Generalni sekretar dipl. iur. Alen Ostrovski.
PROREKTORI
UNT ima tri prorektora (prorektor za nastavu i studentska pitanja, prorektor za naučno-istraživačku djelatnost i prorektor za međunarodnu saradnju i razvoj) koje Senatu, nakon provedenog konkursa, predlaže novoizabrani rektor, vodeći računa o zastupljenosti grupacija organizacionih jedinica u okviru UNT-a. Senat po prijedlogu rektora imenuje prorektore UNT-a. Mandatni period prorektora traje kao i mandatni period rektora. U članovima 78, 79. i 80.Statuta Univerziteta u Travniku definisani su zadaci prorektora.
SEKRETARIJAT
UNT ima Sekretarijat koji obuhvata stručne službe za stručno i operativno izvršavanje programa UNT-a i njegovih organizacionih jedinica. Sekretarijatom rukovodi generalni sekretar. Prijedlog za izbor generalnog sekretara daje rektor, a imenuje ga Upravni odbor UNT-a. U članovima Statuta Univerziteta u Travniku od 84. do 87. navedene su stručne službe Univerziteta.
