Rektor UNT-a (u daljnjem tekstu: rektor) je rukovodni organ Univerziteta. Rektor za svoj rad u domenu akademskih pitanja odgovara Senatu, a u domenu poslovanja Univerziteta Upravnom odboru. Rektoru u obavljanju funkcije pomažu prorektori i generalni sekretar.
Izbor rektora obavlja se na osnovu konkursa objavljenog u sredstvima javnog informisanja. Odluku o raspisivanju konkursa donosi Upravni odbor UNT-a. Rektor se bira većinom glasova od ukupnog broja članova Senata UNT-a. U članovima Statuta Univerziteta u Travniku 63. do 66. definisana je procedura imenovanja rektora, kao i uslovi pod kojima rektoru prestaje funkcija.
Rektorat čine:
1. Rektor prof. dr. Rasim Dacić,
2. Prorektor za međunarodnu saradnju, acc. prof. dr. Džemal Najetović,
3. Prorektor za nastavu i studentska pitanja, prof. dr. Namik Čolaković,
4. Prorektor za naučno-istraživačku djelatnost, prof. dr. Hazim Selimović,
5. Generalni sekretar dipl. iur. Alen Ostrovski.
