Odgovornost za poslovanje visokoškolske ustanove snosi Upravni odbor Univerziteta. Upravni odbor ima sedam članova, od kojih šest imenuju osnivači, a jednog imenuje Senat Univerziteta na mandat od četiri godine.
Od člana 44. Statuta Univerziteta u Travniku definisan je način rada Upravnog odbora, prava i dužnosti predsjednika i članova Upravnog odbora.
